1989 meldete Epyx den Bankrott an. Als Ursache wurde genannt, dass die Firma wohl niemals so richtig verstanden hatte, weshalb man in der Vergangenheit erfolgreich gewesen war und sich deshalb in alle möglichen Richtungen ausdehnte, was sich im Nachhinein als Fehler herausstellte. Die eigentliche Ursache war wohl, dass man den Untergang des C64 nicht rechtzeitig erkannt hat bzw. zu lange für die Konsole entwickelte. Das brach der Firma letzten Endes das Genick.

Man zog in ein kleinere Büro in San Francisco um und entließ nahezu alle Mitarbeiter. Zwar entwickelte Epyx immer noch Spiele, aber die Rechte zur Veröffentlichung erhielt Atari, da man der Firma am meisten Geld schuldete. 1993 kam das Unternehmen zwar aus dem Bankrott wieder heraus, aber zu diesem Zeitpunkt waren nur noch acht Leute angestellt. So entschloss man sich, die Reste der Firma zu verkaufen. Bridgestone Media Group erhielt die Rechte an allem, was Epyx noch hatte. Doch von den acht Angestellten nahm nur Peter Engelbrite das Jobangebot der neuen Eigentümer an.

Im vergangenen Jahr hat der britische Hersteller System 3 bekannt gegeben, dass er die Aktiva von Epyx aufgekauft habe und bald Spiele wie California Games, The Last Ninja und Impossible Mission für den Nintendo DS, die PSP und die Wii herausbringen werde.