Die Erde hat sich gewandelt. Zwanzig Jahre sind vergangen, seit die Staatsoberhäupter der Erde den Aliens ihre bedingungslose Kapitulation angeboten haben. XCOM, die letzte Verteidigungslinie des Planeten, wurde dezimiert und zerschlagen. Nun, in XCOM 2, herrschen die Aliens auf der Erde und errichten funkelnde Städte, die der Menschheit vordergründig eine blendende Zukunft verheißen, in Wahrheit aber nur einen finsteren Plan verdecken und alle ausschalten, die sich der neuen Weltordnung widersetzen. Nur diejenigen, die am Rand der Welt leben, verfügen über ein geringes Maß an Freiheit. Und hier sammelt sich erneut eine Macht, um für die Menschheit zu kämpfen. Zur ständigen Flucht getrieben und mit nur geringen Erfolgsaussichten müssen die verbliebenen XCOM-Kräfte einen Weg finden, einen weltweiten Widerstand zu entfachen und die Alien-Bedrohung ein für alle Mal auszuschalten.