BLUE REFLECTION: Second Light folgt den Abenteuern dreier Schüler, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo und Yuki Kinjou, die sich plötzlich ohne Erinnerungen in einer geheimnisvollen schwebenden Akademie wiederfinden. Einzig ihre Namen sind ihnen noch bekannt. Sie müssen nach Hinweisen suchen, mithilfe derer sie den Weg nach Hause wiederfinden. Als sie eines Tages einen Pfad in ein neues Land erkunden, werden die Protagonisten dort von einer Horde tödlicher Monster empfangen. Im Kampf gegen diese teuflischen Kreaturen entdecken sie bis dato ungekannte Kräfte in ihnen - und stehen damit vor weiteren Rätseln. Auf ihrem Abenteuer arbeiten die drei Freunde eng zusammen und gestalten ihre Tage so abwechslungsreich sowie unterhaltsam wie möglich. In der unbekannten Welt werden ihre wahren Gefühle und Persönlichkeiten offen gelegt, während ihre Bande immer enger wird und sie neue Kräfte und Fähigkeiten in sich entdecken.

Im Spiel können die Protagonisten die Akademie weiter ausbauen und Gegenstände herstellen, deren Eigenschaften durch unterschiedlichen Charakterkombinationen bestimmt werden. Indem sie ihre Freundschaft vertiefen, können die drei Schüler die Geheimnisse der Welt aufdecken. Finden sie heraus, warum sie ohne Erinnerungen in dieser Welt gelandet sind?