Das Setting ist zwar auch nicht ganz neu, aber wurde auf dem kleinen Bildschirm des 3DS sehr gut in Szene gesetzt. Der 3D-Effekt weiß zu überzeugen und vermittelt ein sehr räumliches Gefühl von der dreidimensionalen Zelle, auf welcher man sich wie über einen kleinen Planeten komplett bewegen kann. 

Als mikroskopisch winziger Nanitengleiter hat man die Aufgabe, von Schädlingen befallene Zellen zu säubern, und DNA-Stränge ausfindig zu machen und aufzusammeln. Anfangs sind die Zellen nur einfache sphärische Körper, doch im Verlauf nehmen sie immer komplexere und interessantere Formen an. Damit man nicht die Übersicht verliert, kann man sich jeder Zeit die Position der DNA-Stränge und Gegner anzeigen lassen. 

Alle Welt beschwert sich über fehlenden Anspruch in aktuellen Spielen. Da kommt Nano Assault EX eigentlich recht gelegen. Nach den ersten einfachen Levels, ist direkt der erste Zwischengegner alles andere als ein Selbstläufer, und es brauchte mehrere Anläufe um ihn in die ewigen Jagdgründe zu ballern. Es reicht nämlich schon ein Treffer, und der kleine Nanit löst sich in Selbstgefallen auf, und für jede Mission steht nur eine begrenzte Anzahl zur Verfügung. Wie man sich also unschwer ausmalen kann, erfordert es also eine Menge Geschick und Konzentration, um eine Zelle mit heiler Haut zu überstehen.

Neben der Kampagne gibt es einen Arcademodus, in welchem man sich online in Highscorelisten eintragen kann. Nach einmaligem Durchspielen der Story kann man dann noch einen Bossrush- und Überlebensmodus freischalten. Im Spiel verdiente Nanomünzen können dazu verwendet werden, um im spieleigenen Shop Extras, wie z.B.  Songs freizuschalten.